أجاب مرصد الأزهر على على احد الشبهات المنتشرة على بعض مواقع الإنترنت والتي تقول أنه "لا توجد علاقة سببية ومباشرة بين ما نشاهده من كائنات وأجرام وظواهر طبيعية ووجود كائن وهمي يسمونه "الله" وهو في الحقيقة مجرد رمز وليد لأفكار بدائية لا يمكن الوثوق فيها وتصديقها إلا بتغييب العقل والمنطق العلمي".