تسعى منظمة خريجى الازهر لمواجهة الفكر المتطرف على المستويين الداخلي والخارجي بالتواصل مع خريجيين الأزهر الذين تعلموا في الأزهر وعادوا لبادهم ليكونوا سفراء الإسلام ويسعون في تصحيح المفاهيم عن الإسلام والمسلمين لمواجهة ظاهرة الإسلام فوبيا الذى يحاول نشرها أصحاب الفكر الإرهابي.