شهدت العصور الإسلامية الوسطى موجة تكفير عنيفة، طالت أعلام المسلمين الأوائل كابن سينا والفارابي والكندي والطبري والرازي، وابن حيان والغزالي وابن رشد، وغيرهم من علماء المسلمين بسبب فكرهم وعلمهم وفلسفتهم.