وتضمنت تخصيص مجلس خاص لكل من الجامعات الخاصة والأهلية لعدم تكدس أعضاء المجلسين في مجلس واحد مما يسهم في عرض الموضوعات ومناقشاتها واتخاذ المناسب من القرارات ويرأس المجلس وزير التعليم العالى.
وجاء نص المادة 18 كما وافق عليها المجلس: ينشأ بالوزارة المختصة بالتعليم العالى مجلسان أحدهما للجامعات الخاصة يسمى "مجلس الجامعات الخاصة"، والآخر للجامعات الأهلية يسمى "مجلس الجامعات الأهلية" يُشكل كل منهما برئاسة الوزير المختص بالتعليم العالى، وعضوية كل من رؤساء الجامعات الخاصة بالنسبة لمجلس الجامعات الخاصةورؤساء الجامعات الأهلية بالنسبة لمجلس الجامعات الأهلية وأمين المجلس الأعلى للجامعات وأمين المجلس الأعلى للمستشفيات ومستشارى الوزير في الجامعات وثلاثة من رؤساء مجالس أمناء الجامعات يتناوبون العضوية فيما بينهم دورياً كل سنة بحسب أقدمية إنشاء الجامعةوخمس من الشخصيات العامة والخبراء في التعليم يختارهم الوزير، وثلاثة من رؤساء الجامعات المملوكة للدولة يرشحهم المجلس الأعلى للجامعات، وتكون مدة عضويتهم سنة قابلة للتجديد لمرة واحدة.
ويصدر بتشكيل كل من المجلسين قرار من رئيس مجلس الوزراء بناءً على عرض وزير التعليم العالى.
ويكون لكل مجلس من المجلسين أمين يختاره الوزيرالمختص بشئون التعليم العالى لمدة سنتين قابلة للتجديد ويكون عضواً بالمجلس ولكل من المجلسين أن يدعو لحضور اجتماعاته من يرى الاستعانة بهم من رؤساء مجالس الأمناء والخبراء المتخصصين دون أن يكون لهم صوت معدود.
