بعد انتهاء التحقيقات أحالت النيابة العامة المتهمين للجنايات، وحددت محكمة استئناف القاهرة، جلسة 5 مارس 2015 لنظر محاكمة المتهمين أمام الدائرة 28 إرهاب بمحكمة جنايات القاهرة، برئاسة المستشار حسن فريد.
المحطة الثانية.. تلاوة أمر الإحالةمع نظر أولى الجلسات تلا ممثل النيابة العامة أمر إحالة المتهمين، وأنكر المتهمين التهم الموجهة إليهم، وتمسك الدفاع بعرض أحراز وسماع الشهود والإطلاع على أوراق القضية.
المحطة الـ 3 .. فض أحراز القضيةفى 18 إبريل 2015 بدأت المحكمة فى فض أحراز القضية، وضمت الأحراز وجود ملابس عسكرية وأسلحة نارية وذخيرة، ومظروف بداخله 10 فوارغ طلقات نوهت النيابة العامة للمحكمة أنها استخدمت فى عملية اغتيال المقدم محمد مبروك مسئول ملف الإخوان بالأمن الوطنى.
المحطة الـ 4.. أقوال الشهودعلى مدار أكثر من عامين استمعت المحكمة لأقوال الشهود الوارد أسمائهم بأمر الإحالة وبلغ عددهم 834 شاهد إثبات، ومن أبرز الشهود اللواء محمد إبراهيم والذى جاء للإدلاء فى محاولة اغتياله بالقرب من منزله، والضابط محمد عبد الرحمن مجرى التحريات حول التنظيم.
فى 4 مايو 2019 بدأت المحكمة سماع مرافعة النيابة العامة وتحدثت فيها النيابة عن تكوين التنظيم على يد المتهم توفيق فريج بائع العسل، وتحدثت بالتفصيل على وقائع تفجير مديرة أمن القاهرة وواقعة اغتيال الشهيد مبروك.
وتحدثت النيابة عن أدوار بعض المتهمين ولعل أبرزهم المتهمين من الأول وحتى العاشر والذين يعتبرون من قادة التنظيم ومنهم المتهم هشام عشماوى مسئول تدريب العناصر الإرهابية عسكريا، وفى نهاية المرافعة طالبت بتوقيع أقصى عقوبة على المتهمين.
المحطة الـ 6 .. حجز الدعوىفى 18 أغسطس 2019، حجزت المحكمة الدعوى لجلسة 2 سبتمبر للنطق بالحكم مع استمرار حبس المتهمين وضبط المتهمين الهاربين.
المحطة الـ7.. إعادة فتح باب المرافعةفى جلسة 2 سبتمبر تقدم دفاع المتهمين بمذكرة لاستكمال المرافعة وقررت المحكمة فتح باب المرافعة لمدة 3 أيام.
المحطة الـ 8.. حجز الدعوى للحكم للمرة الثانيةبعد إعادة فتح باب المرافعة نظرت المحكمة الدعوى خلال 3 جلسات متعاقبة، وعقب ذلك حجزت الدعوى لجلسة 2 أكتوبر 2019، للنطق بالحكم مع استمرار حبس المتهمين والقبض على المتهمين الهاربين.
المحطة الـ 9.. مد أجل النطق بالحكمفى جلسة 2 أكتوبر 2019، قررت المحكمة مد اجل النطق بالحكم فى الدعوى لتعذر حضور المتهمين ولاستكمال المداولة وحددت جلسة 1 ديسمبر المقبل للنطق بالحكم.
