معظم الآثار الجانبية لعصير الليمون ناتجة عن جرعة زائدة، حيث يمكن أن تؤدى أحماض الليمون إلى تآكل مينا الأسنان، وتفاقم القرحة، وتسبب الصداع النصفى.