وتتمثل أهداف المجلس، في أنه يهدف إلى تنظيم مجالات الصحة بمصر في نواحي التعليم ما بعد الجامعي والتدريب التخصصي، والتأهيل وتطوير المستوى العلمي والسريري للأطباء