وتناولت حيثيات القضية التي وضعتها محكمة الموضوع برئاسة المستشار حسن فريد، العديد من العمليات الإرهابية الخسيسة التى نفذها تنظيم بيت المقدس ضد المدنيين ورجال الجيش والشرطة ومؤسسات الدولة، وتناولت جزء من اعترافات محمد بكرى هارون، رقم 3 بأمر الإحالة، وكيفية انضمام المتهم للتنظيم الإرهابى، والعمليات التى اشترك بها ومنها ..
ـ المتهم انضم لتنظيم أنصار بيت المقدس الإرهابى واعتنق أفكاره عن طريق المتهم الثامن بأمر الإحالة فى عام 2011، وكان اسمه الحركى "طارق".
ـ وحاول السفر لسوريا للالتحاق بالقتال الدائر هناك ولكنه فشل في السفر.
ـ كون مجموعتين رئيسيتين من الخلايا العنقودية فى القاهرة تولى مسئولية إحداهما المتهم الثانى محمد عفيفى.
ــ المتهم حصل على تدريبات أمنية وعسكرية لمدة أسبوعين في شهر مارس من عام 2012 وبصحبته بعض المتهمين وتدربوا على استخدام الأسلحة.
ــ المتهم قال فى التحقيقات إن الجماعة توجهت في أعقاب يونيه من عام 2013 على تنفيذ عمليات عسكرية تستهدف ضباط وأفراد القوات المسلحة والشرطة والاستيلاء على أموال المسيحيين والبنوك ومكاتب البريد.
ــ اشترك في واقعتى تفجير كمينى مسطرد والباسوس.
ـ المتهم اعترف بانه خطط مع المتهم الثانى لاستهداف مدينة الإنتاج الإعلامي ومقر قطاع الأمن الوطني بمدينة السادس من أكتوبر بصواريخ كاتيوشا تمكن المتهم الأول من الحصول عليها وإخفائها بمزرعة المتهم السابع والثلاثين إلا أن حريقاً بالمزرعة أتلف الصواريخ حال دون تنفيذ ذلك.
ــ اشترك في واقعة اغتيال المقدم محمد مبروك وقام بجمع المعلومات عن الشهيد مبروك والاشتراك في الاغتيال.
وأسندت النيابة العامة للمتهمين ارتكاب جرائم تأسيس وتولى القيادة والانضمام إلى جماعة إرهابية، تهدف إلى تعطيل أحكام الدستور والقوانين ومنع مؤسسات الدولة من ممارسة أعمالها، والاعتداء على حقوق وحريات المواطنين والإضرار بالوحدة الوطنية والسلام الاجتماعى، والتخابر مع منظمة أجنبية المتمثلة فى حركة حماس "الجناح العسكرى لتنظيم جماعة الإخوان"، وتخريب منشآت الدولة، والقتل العمد مع سبق الإصرار والترصد والشروع فيه، وإحراز الأسلحة النارية والذخيرة.