ومن بين الخلافات، والتي تحدثت عنها تقارير صحفية، يسعى الرئيس التونسى لتعيين قيادات أمنية وعسكرية لها خبرات طويلة، وهو ما تعارضه حركة النهضة، لكونها تخشى من تقوية قيس سعيد لمؤسسات الدولة من جيش وشرطة.
كل ذلك دفع بقيس سعيد، عدداً من الرسائل الحاسمة والقوية إلى إخوان تونس الذين يقودون حملة شرسة لتشويه صورته، مؤكداً تمسكه بتصريحاته السابقة التى ألمح خلالها باللجوء إلى الشارع التونسى لسحب الثقة من نواب الشعب بسبب تقاعسهم عن أداء دورهم فى خدمة المواطنين.
واتهم رضا شهاب المكى، أحد الساسة التونسيين، حركة النهضة الاخوانية ومناصريها بعرقلة مسار الإصلاح في تونس من خلال التشبث بالنظام البرلمانى، داعيا إلى تغيير نظام الحكم إلى نظام "لا مركزى" تكون فيه المجالس المحلية صاحبة السيادة والقرار.
ويرى مراقبون أن حركة النهضة التونسية تحاول التشويش على دور الرئيس وتحجيم صلاحياته عبر اختراقها لكافة المؤسسات الهامة فى البلاد وأبرزها وزارات الخارجية والدفاع والداخلية، والعمل على زرع عناصر تتبع التنظيم وتكون قاعدة لإخوان تونس فى إحكام قبضتهم الأمنية والعسكرية على المؤسسات السيادية فى البلاد.
