وأول أسباب الإلحاد هو السبب النفسي، وخلاصته: أن يمر الشخص بأزمة أو ابتلاء، أو يصدم في بعض من كان يظنهم قدوة، وبدلا من أن تؤدي هذه الأزمة وهذا الابتلاء إلى القرب من الله وزيادة الإيمان، يستدرجه الشيطان للوقوع في الإلحاد، أو على الأقل لتشكيكه فيما اعتقده وآمن به.
- من الأسباب أيضا: صعود موجة الإلحاد في الغرب (أوروبا وأمريكا) وانتشار وسائل الاتصال الحديثة (فيسبوك facebook - يغري بعض وغيرها؛ مما)YouTube يوتيوب - Twitter تويتر الشباب بالتقليد الأعمى دون عاصم من إيمان أو منطق صحيح.
- من الأسباب: التكبر على العلم والمعرفة والبحث، وغلق الذهن، والاستنامة إلى التفكير المنحرف، والرغبة في التمين، وعدم قبول الاختلافات وتنوع الآراء، وعدم التجاوب مع تساؤلات الشباب وطموحاتهم في الأسرة والمجتمع مما يجعل بعض الشباب يتمرد على القيم والثوابت ليعبر عن غضبه أو استقلاله.
يتعلق بالسبب السابق سبب آخر، وهو كبت الأسئلة، بل واعتبار مجرد طرح السؤال من المحرمات، وقد يقابل السؤال بالسحرية والاستهزاء، فبعض الشباب إذا وجد ذلك يكتم سؤاله وقد يسمع جوابا من غير متخصص على صفحات الفيس بوك أو غيرها، أو من شخص خبيث الطوية له غرض في نشر الإلحاد والفكر الهدام.
من الأسباب - أيضا : ما يمكن أن نسميه الذكاء بلا ضابط بلا إيمان يعصمه من الوقوع في الشبهات، وبلا منهج يضبط تفكيره، فبعض الشباب ممن لديهم ذكاء فطري منحه الله لهم إذا لم يكن يحرس هذا الذكاء أدلة يقينية لما يؤمن به، لا يجد لديه المعرفة الكافية للرد على الشكوك والشبهات التي تنتشر هنا وهناك، مع أن هذه الإجابات سهلة وموجودة، فعندنا في الإسلام لكل سؤال جواب، وليس عندنا شيء لا يقبله العقل، أو لا يستطيع العقل أن يجد له جوابا.
- يتعلق بالسبب السابق - أيضا - : التعرض للشبهات دون تحصيل الأدلة الكافية للرد، فبعض الشباب المتحمسين لدينهم يدخل على مواقع الإلحاد، ويحاول مخلصا الرد والمناقشة دون خبرة كافية، أو رصيد من الأدلة، فيجد في هذه المواقع من يزين الكلام، ويضع السم في العسل.
من أسباب الإلحاد - أيضا - أن ينشأ الشخص في بيت خال من آداب الإسلام، ومبادئ هدايته، فلا يرى فيمن يقوم على تربيته من أم أو أب أو أخ ما ينشته على الاستقامة، ولا يتلقى عنهم حب الدين، ولا يتعلم منهم ما يجعله على بصيرة من دينه، فأقل شبهة تأتي لهذا الشاب المسكين توقعه في الهاوية.
من الأسباب - أيضا: التطرف والجمود الديني، فبعض من ألحدوا كان إلحادهم ردة فعل نفسية من التشدد الديني في غير موضعه، والذي يؤدي في بعض الأحيان إلى النفور من المتدينين، بل أحيانا من الدين نفسه.
- آخر الأسباب التي نذكرها: متاجرة الملحدين بالعلم وادعاؤهم أن بعض نظريات العلم لا تقبل الخلاف، رغم أن بعض هذه النظريات مجرد ظنون وشكوك وتخمينات أو حتى فرضيات لم تثبت بعد، لكن بعض الملحدين يتاجرون بها، كما يدعون أن بعض هذه النظريات يتعارض مع وجود الخالق سبحانه وتعالى، وهذا أمر غير صحيح، فغالب هذه النظريات لم تثبت يقينا، وعلى فرض ثبوتها لا تتعارض أبدا - مع الإيمان بوجود الله تعالى وإنزال الكتب وبعث الرسل لهداية البشر.