المرحلة الأولى تضم :- بورسعيد والسويس وجنوب سيناء والإسماعيلية وأسوان والأقصر .
المرحلة الثانية :- قنا ومطروح والبحر الأحمر وشمال سيناء.
المرحلة الثالثة :- الإسكندرية والبحيرة ودمياط وسوهاج وكفر الشيخ.
المرحلة الرابعة :- أسيوط والوادى الجديد والفيوم والمنيا وبنى سويف.
المرحلة الخامسة :- الدقهلية والمنوفية والشرقية والغربية.
المرحلة السادسة :- القاهرة والجيزة والقليوبية.
وأضافت وزارة الصحة والسكان وفقا لكتاب حكاية وطن أن تكلفة تطبيق المرحلة الأولى من المنظومة بلغ 51.2 مليار جنيه.