أطلق عليه اسم الخط الأحمر وبه قطارين "قطار سريع – قطار إقليمى".
يشمل الخط الثانى للقطار السريع 36 محطة (9 سريعة + 27 إقليمية) .
محطاته هى " الفيوم/ بنى سويف – العياط - الفشن – العدوة – بنى مزار – سمالوط – المنيا – أبو قرقاص – ملوى ــ ديروط – القوصية – منفلوط – أسيوط – ابوتيج ــ الغنايم – طهطا ــ سوهاج – جرجا ــ أبيدوس – فرشوط ــ نجح حمادى – دشنا – قنا – قوص – الأقصر– أرمنت – إسنا –السباعية – إدفو – كلابشة – دراو ــ أسوان الجديدة – مطار أسوان – ميديكوم – توشكى – أبو سمبل".
الخط سيضم 3 أنواع من القطارات "سريعة 250 كم/ ساعة- إقليمية سرعتها 160 كم/ الساعة- بضائع سرعتها 120 كم/ ساعة.
سيتم تشغيل 20 قطارا كهربائيا بسرعة 230 كيلو مترا/ الساعة.
سيتم تشغيل 48 قطارا كهربائيا إقليميا بسرعة 160 كيلو مترا/ الساعة.
به 20 جرار بضائع كهربائيا بسرعة 120 كيلو مترا/ ساعة.
السرعة التصميمية للمشروع 250 كيلو مترا/ ساعة والسرعة التشغيلية 230 كم.
يوازى مسار الخط الثانى للقطار السريع طريق الصحراوى الغربى.
سيتم ربط الخط الثانى مع الخط الأول للقطار السريع عند حدائق أكتوبر.
سيتم ربطه أيضا بالخط الثالث "قنا – الغردقة - سفاجا" في محطة قنا.يتم تنفيذ المسار من جانب الشركات المصرية منها الجسر الترابى للسكة.
القطار السريع سيتوقف فى محطات تخدم عواصم المحافظات.
القطار الاقليمى به محطات إقليمية تخدم المراكز والمدن .
