وتولى كوبر تدريب المنتخب الوطني بشكل رسمي فى مارس 2015، حيث خاض مباراتين وديتين كانت الأولى أمام غينيا الاستوائية ومالاوي وفاز في المباراتين، بينما كان أول اختبار رسمي لكوبر مع الفراعنة أمام تنزانيا فى التصفيات الأفريقية المؤهلة لكأس الأمم الأفريقية، وفاز الفراعنة وقتها بثلاثية نظيفة.
وقاد كوبر المنتخب الوطني فى 38 مباراة، فاز في 20 لقاء، وتعادل فى 6 مباريات وخسر 12 مباراة أخرى.
ونجح كوبر قيادة الفراعنة للتأهل لكأس العالم 2018، والذى أقيم فى روسيا، بعد غياب استمر لأكثر من 28 سنة للفراعنة عن التأهل للمونديال، كما قاد كوبر المنتخب الوطني إلى المباراة النهائية بكأس الأمم الأفريقية قبل أن يخسر فى المباراة النهائية أمام الكاميرون بنتيجة 2/1.
وكشف إيهاب الكومي، عضو مجلس إدارة اتحاد الكرة، كواليس رحيل للبرتغالي كارلوس كيروش المدرب السابق لمنتخب مصر قائلا، "جمال علام رئيس الاتحاد أبلغنا بانعقاد اجتماع بينه وبين كيروش، ولم يتوصلوا خلاله لاتفاق، وبالتالى تم إنهاء التعاقد".
